Установил новую версию phpMyAdmin 4.2.7 и заметил, что с ajax версией появились и уведомление, которые сообщают каждое действие посередине экрана. И часто уведомляет о совсем не обязательных действиях, например загрузка страницы, что начинает надоедать. Нашёл файл js/messages.php в котором хранятся тексты этих уведомлений, а каждое сообщение при показе обёрнуто в div тег с атрибутом id="loading_parent". Для того чтобы спрятать этот тег с ненужными уведомлениями, я добавил в текст сообщения css код:
<style>#loading_parent {display:none;}</style>
Например текст уведомление загрузки страницы
$js_messages['strLoading'] = __('Loading…');
поменял на
$js_messages['strLoading'] = __('Loading…<style>#loading_parent {display:none;}</style>');
И больше это уведомление не показывается.